Początki sanktuarium są podobne do innych tego typu miejsc na Warmii. Znaleziono figurkę Matki Boskiej , która zasłynęła cudami i na jej cześć wzniesiono kaplicę. Z czasem wzniesiono kościół, a opiekę nad nim powierzono bernardynom. We wnętrzu na uwagę zasługuje obraz Matki Boskiej, który jest kopią słynnego obrazu z kościoła Santa Maria Maggiore w Rzymie, dwa boczne barokowe ołtarze oraz wspaniała ambona z kutego żelaza i organy z XVIII wieku. Stoczek był najpopularniejszym po Świętej Lipce miejscem pielgrzymkowym na Warmii. Podczas II wojny światowej Niemcy internowali tu biskupów austriackich, w latach 1953 – 1954 przetrzymywano w Stoczku prymasa Polski, kardynała Stefana Wyszyńskiego.